補足です。
webhookではorder APIを指定しています。
order APIのドキュメントではlocation_idについて下記のような記述があります。
The ID of the physical location where the order was processed. This property refers to the POS location. location_id will always be set to null for online orders. If you need to reference the location against an order, then use the FulfillmentOrder resource.
fulfillmentOrderのAPIを試しに取得してみたのですが、データが見つからないという応答があります。
このfulfillmentOrderは、すでに配送されたアイテムの表示されるのでしょうか?
はい、そのAPIは出荷された商品のデータです。
Shopifyの注文詳細でマニュアルで出荷するとわかると思うのですが、出荷するときにロケーションを選択することになるので、注文時にはロケーションは確定しません。
1つの商品に複数ロケーションがある場合、「どれを使うか」の判定基準が他にあると思うので、(例えば配送先住所など。配送料のプロファイルにはロケーションの指定があります)。それをwebhookのデータで取得してロケーションを決定し、fullfilement のAPIで、発送済にすることになると思うのですが、いかがでしょうか?