GMOイプシロン 売上確定に起きるエラーについて

[gem4yukixxx]

6月のアップデート以降、クレジットカード（GMOイプシロン）ご利用注文を対象に、一括で売上確定を行うと度々エラーが発生しています。うまくいく注文もあればエラーが発生するものもあるといった状態です。

エラーが発生すると1注文ごとに注文管理ページを開き「支払いを確定する」ボタンをクリックする必要があります。
また、繁忙期では1日の確定数が多いため負担が大きいです。

shopifyサポートに連絡したところ、GMOイプシロン側に一旦切断して再接続するように依頼し、入力された認証情報が正しいかどうかを確認していただく必要がございます。と言われましたがGMOイプシロン側では

Shopify認証情報に問題があるわけではないように思われ、状況が改善するイメージはつかず推奨するものではございません。と回答がありGMOイプシロンが送信した売上処理のリクエストをShopify側が受け取れないことがあるために発生している、Shopifyシステムに今後改善いただけるか次第である、との事で双方の意見も違いなかなか解決されない状況です。

同じ現象でお困りの方や、こんな方法で解決できました。

などがあれば教えて頂けると幸いです。 どうぞよろしくお願い申し上げます。