数万件の在庫を持っており、商品毎に送料（区分）が違います。
ヘルプを参考に配送と配達の項目から送料プロファイルを作り送料区分を作る事は分かりました。
在庫と送料を紐付ける方法が送料プロファイルの設定から手動で行う方法は分かりましたが、数万件を手動で紐付けることは難しいです。
在庫データをCSVデータをあげる際に送料プロファイルを紐付けることは可能でしょうか？
もし出来ない場合、同様の事ができる方法を教授くださいます様お願いします。
まず、この場合の「在庫」とおっしゃっているのは、Shopify内の「商品」ということでよろしいでしょうか？
Shopifyでは、商品と在庫は別のデータとして存在し、それぞれ別のCSVでインポートできます。
商品毎に送料が違うとのことですので、送料プロファイルで、商品ごとのプロファイルを作成したいということでよろしいでしょうか？
マニュアルを避ける場合は、以下にようにAPIを使って一括登録することは可能です。
https://shopify.dev/tutorials/manage-advanced-shipping-information-with-delivery-profiles
また、これを応用したアプリもありそうです。
https://apps.shopify.com/automate-shipping-profiles?locale=ja
