商品一つに対してバリーエーションが複数ある場合、バリエーションの数だけ在庫があるようになってしまいます。どのようにしたら、バリエーションが複数でも在庫は１つで管理できるでしょうか。
Shopifyのバリエーション機能ではなく、Line Item Property機能を利用した運用が良いかと思います。
https://www.shopify.jp/blog/partner-shopify-theme-customize-cart-attributes-line-item-property-custo...
自前でカスタマイズするか、下記オプション管理アプリで実現可能です。
オプション管理アプリ(例)
https://apps.shopify.com/product-options?locale=ja
https://apps.shopify.com/custom-options?locale=ja
