規約上は1つのストアにつき販売者は1つなので、決済はストアが受けつつ販売者は各レストランのような楽天市場のような利用はできません。
レストランが全てストアオーナーのチェーン店で、特商法の表記上、販売主体がストアであれば(レストランから商品を仕入れている形)可能です。
販売主体の違うレストランの場合は、レストランごとにストアを持って、それらをまとめるようなポータルサイトの構築となります。
ですので、ご質問は前者の場合しか当てはまりませんが、
> 各レストランごとに送料が発生するか、
これは配送設定でコレクション単位かロケーション単位でレストランごとの送料を設定できると思います。
> 複数のレストランから一度に決済することができないようにしたいのですが、
テーマのコード編集でAjax APIやLiquidを使ってカート入れる商品を制限する(別のコレクションの商品が入っていると購入させないなど)カスタマイズを入れるか、購入制限アプリで仕様を満たすものがあればそれを使えば可能かと思います。
https://apps.shopify.com/purchase-management?locale=ja
https://apps.shopify.com/purchase-limit?locale=ja