kawashimaさん、こんにちは。
おそらく Blogページの編集画面のエディタでスクリプト挿入をされようとしているのではと思うのですが、テーマのコード編集からblog-template.liquidを探して、Liquidを使ってcannonical tagを入れたいページ(URL)の時だけスクリプトを入れるようなコードは書けないでしょうか?
また、 Blogを含むページには、SEO対策用に別のURLを設定できるメニューがあるので、そこで現在公開されているURLと別のものを指定すれば、インデクシングから外れる可能性もあります。