おそらくご存知の通り、CBD製品はShopifyとしては販売許可しておりますが、日本の決済代行では対応しているところはほとんどないと思います。
以下が候補としてあるようです。（日本でShopify Paymentは利用できません）。
https://digipayinc.com/digipay-cbd/https://embcbd.emerchantbroker.com/
