テーマのアップデートについて

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現在の状況：

下記のアプリ(ExIm)を使ってカスタマイズしたテーマのアップデートを行おうか考えております。

https://apps.shopify.com/exim-export-import-pages-blogs-theme-settings?locale=ja

テーマはPrestigeの『現行バージョン4.9.9』から『最新バージョン5.5.0』へのアップデートです。加えて、Shopify テーマをOnline2.0にアップデート致します。

ご質問：

ExImのアプリを使用して上記の内容をアップデートする際に危惧する点や心配な点がありましたらお教えいただきたいです。また、アプリを使用しないでアップデートできる方法がございましたらそちらも合わせてお願い致します。

よろしくお願い致します。