商品詳細のディレクトリーは基本(ドメイン/products/独自ファイル名)となるようなのですが、コレクションのディレクトリーに含めるにはどうすれば良いでしょうか?
デフォルトのディレクトリは
"ドメイン/products/独自ファイル名"
で変更は不可能です。
ただShopifyの仕様としてTOP>Collection>商品ページに遷移するとURLが
"ドメイン/collections/コレクション名/products/独自ファイル名"
と自動でURLが生成されます。コレクションを複数登録している場合も別のコレクション名がURLに入ります。
※canonicalタグが実装されているので重複URL認定はされません。