なるほどです。Ultimate Special Offer は自分も過去に使ったことがありますが、ユーザが決済ボタンをクリックした瞬間に無理やりプログラムを実行する感じになってるので、ユーザが決済ボタンをクリックせずに決済画面に行くフロー（カゴ落ちメールとか？）があるとうまくいかないのかもしれません。他に良いアプリがあるのかもしれませんが、僕は知らないです。 金額が正確にディスカウントされない事があるためいつもチェックしながら発送しています。こちらですが現状は手動で返金されてるのでしょうか？ベス...

shopifyの自動ディスカウント機能は試されましたか？あるコレクションからN個以上買うとある商品をX%引、というような設定ができるので、350円 x 3 = ¥1,000のような設定ができるとおもいます  https://help.shopify.com/ja/manual/promoting-marketing/discount-codes/automatic-discounts#x-y

shopifyの機能ではないと思います。自分が過去に関わったことのある海外のプロジェクトでは https://apps.shopify.com/smile-io を使っていましたが、英語しかないようなので、日本人ユーザが主な場合は難しいかもしれません。

直接叩いたほうが簡単なような気がします

あ、「在庫があるかどうか」と勘違いしてました。storefront APIを直接叩けるのであれば productに totalInventoryというフィールドがあるようですが、https://shopify.dev/docs/storefront-api/reference/object/product  gatsby-source-shopifyからどのフィールドが使えるのかはよくわかってません

variantsの中に `availableForSale` というフィールドがありますでしょうか？https://www.gatsbyjs.org/packages/gatsby-source-shopify/#query-products