Desgraciadamente es así. Al no ser que pagues Shopify Plus (el de 2000$ al mes) que creo que no está disponible en España, no podrás modificar el checkout, tampoco con apps. Es una de las mayores limitaciones que tiene esta plataforma.

Esos campos aparecen en el checkout a la hora de pagar 

Una solución que he encontrado a esto es cambiar la traducción del tema en ese apartado dónde pone "Empresa", he traducido a DNI/NIF/NIE y lo he puesto cómo obligatorio. Luego he traducido la dirección 2 cómo "Empresa". Es la única solución que hay h...

Yo también necesito esto. En España por ley nos obligan a los comerciantes pedir el DNI al cliente al venderle un producto electrónico para la factura. Al cliente se lo pide o en la asesoria o en la compañia de seguros etc. Utilizo Sufio como método ...