これと同じ症状がでていました。
TSLも設定する必要があったのでそっちから調べてみると、
自分のサブドメインをCNAMEで設定するようにかいてあったため、
Aレコードに設定していたIPアドレスを消してCNAMEで設定しました。
(wwwのついたサブドメインをshops.myshopify.comにつなげる設定はそのまま)
そうするとサブドメインでショップにリンクはつながったのですが、それでも赤い「ドメインにCNAMEレコードがない」の表示は消えませんでした。
shopifyの技術者さんに直接聞く必要があるのでしょうか。
しかし連絡先が分からないので確認のしようもないのです・・・。