Hola! El checkout solamente es editadle para Shopify Plus, las demás versiones de Shopify tienen protegido la edición por lo que no podrás agregar el campo RFC. En México existen 2 alternativas para factura directa, fiscalPOP y Facturama.
Otra alternativa es que crees un formulario para que te lleguen los datos fiscales y emitas la factura.
Saludos!