最近解決したので、返信させていただきます。
メタフィールドを作成すると、ユーザー x メタフィールド ごとに固有のIDが生成されるので、それを一緒に送ると更新されました。
注意点は、メタフィールドの定義IDではなく、各ユーザーに紐づいたメタフィールドIDになります。
このIDを画面上で確認するのは難しいので、liquid などでユーザーのメタフィールドを表示させれて合わせてIDを出すとわかるかと思います。
{
id: ${number}
key: metafieldKey_02,
value: newValue,
value_type: 'single_line_text_field',
namespace: metafieldNamespace_02,
},