Hola,
¿Por qué dices que son los clientes que crean las variantes?
Ahora, para solucionar tu problema, teniendo en cuenta que Shopify no permite hacer nada en su checkout si no eres Plus, te aconsejo que hagas cualquier cosa ANTES de entrar al checkout. Lo cierto es que NO puedes cambiar la variable que agregan tus clientes pero sí puedes cambiar como se vean…
Te aconsejo que si sabes codificar, juega con los datos que hay en tu front-end, datos como la clase cart-item y el atributo data-variant-id y los contenedores de imagen deben tener la clase cart-item__image.
Por otro lado, te aconsejo que utilices una imagen estandar para todas tus variables.
Un saludo.