こんにちは。
わたしも､全く同じ現象で、悩まされました。
わたしの場合は､今まで問題がなかったのに、
ある日突然、約半分の注文で､
Cart Attributesの情報が保存されない状況になりました。
おこっている現象は､書かれているとおり、全く同じです。
まったく規則性がないので、ほんとに困りました。
英語でも情報を探しましたが、
情報がとても少なかったので、
レアケースで、Shopify本体の問題では
なさそうな気はしていました。
それで、一番最近インストールした､
数量制限のアプリがあやしいことに気づきまして。
そのアプリは､カートからチェックアウトに進むボタンを押したときに､
判定して､数量制限に引っかかっていたら、モーダルが出て、
次に進めなくするという動作でしたが､
そのアプリのコードを一旦削除してみると、
問題が解決し､すべての注文でCart Attribuitesが保存されるようになりました。
数日様子を見ましたが、完全に解決しています。
一応、アプリの開発元には連絡をしておきましたが、
アプリ自体は削除することにしました。
アプリが原因になるということは、
全く考えてなかったので､解決までに時間がかかりました。
どうして、そういうバグが出るのかまでは、わかりません。
もし、カート内でなにか制御するようなアプリを使っていらっしゃったら、
疑ってもよいかもしれません。