La solución que encontré para esto, principalmente para quien no maneja inventarios en shopify sino que solo quiere tener los productos disponibles para elegir por ejemplo retiro en tienda, es cargar de forma masiva con el archivo de inventario todos los productos con inventario zero en la ubicación de esa nueva sucursal. De esa forma automaticamente se le asigna la sucursal a todos los productos.
Espero le sirva a alguien.