Obrigada pelo esclarecimento, @Brunovn .
É isso mesmo, o email de confirmação é enviado automaticamente ao cliente após o pedido ser realizado. No entanto, o cliente tem acesso a essa página de status do pedido sempre que precisar, mesmo que a feche, pois essa página fica disponível para você e para o cliente enquanto sua loja estiver ativa.
Caso seu cliente feche a página de confirmação antes de realizar o pagamento do PIX, ele só precisa clicar em “Ver seu pedido” no email de confirmação e ele terá acesso à página de status. Assim:
Além disso, você como lojista também pode acessar essa página. Veja como você pode acessar a página de status do pedido através do seu admin.
No entanto, como sua página de status é alterada por um checkout transparente, sugiro que você faça um teste para verificar se ao clicar em Ver seu pedido, a página que abre contém o QR Code. Se sim, você não precisa se preocupar, pois seus clientes terão acesso à página de status com o código quando precisarem.
Se ainda assim você quiser enviar o código por email, você pode editar o texto da notificação seguindo os passos dessa página de ajuda: Editar modelos de notificação. No entanto, para adicionar o QR code, você precisará da ajuda de um desenvolvedor, pois se trata de uma modificação avançada. Os agentes da Shopify não são especialistas em desenvolvimento e esse tipo de alteração vai além do nosso escopo de suporte.
Você pode contratar um Especialista da Shopify para fazer isso para você. Veja aqui uma lista de Especialistas brasileiros.
Você pode tentar postar uma pergunta em um dos fóruns da nossa Comunidade em inglês. Vários Especialistas da Shopify estão por lá ajudando os usuários e, quem sabe, alguém pode verificar isso para você. Você também precisará postar sua pergunta em inglês, mas pode utilizar um tradutor para te ajudar.
Até mais!