¿Cómo puedo gestionar/organizar mis pedidos?

La sección de “Pedidos” de Shopify no me parece intuitiva ni se acomoda a mis necesidades. La mayoría de mis clientes no pagan con tarjeta, sino con otros métodos de pago que se coordina previamente por WhatsApp. Por lo cual, si un cliente elije la opción de envío contra entrega, yo tengo que escribirle personalmente al WhatsApp para coordinar la entrega y el pago, y si todo sale bien, le debo dar al botón de “capturar pago”. El problema es que si este cliente no me contesta o directamente no le interesa, su pedido me aparece en la lista de demás pedidos y es todo un caos. Las secciones de “no preparados”, “sin pagar”, “abiertos” o “cerrados” no me ayudan mucho. Además siempre pido un pequeño adelanto del pago en el caso de envíos contra entrega y como tengo a una trabajadora que se encarga únicamente de alistar los pedidos, decirle a ella cuanto es el restante que debe pagar el cliente es un caos por que no aparece una sección de shopify en el que pueda poner eso para que mi trabajadora lo sepa.

En fin, lo que quiero es algún programa o aplicación en el que pueda llevar la contabilidad, el stock, los pedidos y las utilidades de mi empresa. Si alguien conoce alguna me lo dice por favor. Y si está integrado a Shopify mejor.