Só para ter certeza que entendi o que está acontecendo. Você comprou um domínio na GoDaddy e quando foi tentar fazer a conexão automática encontrou um erro dizendo que já existe um site com esse domínio ?
Se sim, esta é uma pergunta bem comum aqui na Comunidade, como você pode ver no link que coloquei acima. Esta mensagem de erro acontece quando uma loja utilizou no passado o mesmo domínio que você está tentando conectar. Se o antigo dono fechou a loja e não removeu o domínio, ele fica preso àquela loja. Como domínios expiram, o antigo dono pode não ter renovado o domínio e ele ficou disponível para você comprar. Você precisará entrar em contato com nossa central de atendimento por e-mail para pedir que o domínio seja liberado da loja anterior para que você possa usá-lo em sua loja.
Entre em contato por e-mail com a nossa equipe de atendimento aqui. Faça login na conta e selecione as opções correspondentes, que no seu caso são Configurações da loja > Domínios> Outros > Enviar mensagem. Ao acessar nosso suporte pela Central de Atendimento, você irá encontrar as ferramentas para te autenticar como titular da conta e assim poderemos verificar suas informações em segurança. Em seguida, o atendente irá te dizer as informações necessárias para provar que você é o novo proprietário do domínio.
Imagino que esteja começando sua loja agora, certo? Recomendo dar uma olhada neste artigo aqui que contém uma lista de tudo que uma loja precisa ter para parecer confiável para os clientes.
Se tiver alguma dúvida em relação a como entrar em contato com o Suporte, deixe um comentário e ficarei feliz em ajudar.