Shopifyの配送先の制限が都道府県レベルまでですので、おそらくこうなっていると思います。
（上記の配送料は標準設定で本州、四国までで、下の方がCustom Shipで住所のテキスト解析、もしくは郵便番号で離島判断）
例えばですが、Shopifyでの住所判定をやめて、全国全てCustomShipで設定するようにしたらどうなりますでしょうか？
Shopifyの配送先の制限が都道府県レベルまでですので、おそらくこうなっていると思います。
（上記の配送料は標準設定で本州、四国までで、下の方がCustom Shipで住所のテキスト解析、もしくは郵便番号で離島判断）
例えばですが、Shopifyでの住所判定をやめて、全国全てCustomShipで設定するようにしたらどうなりますでしょうか？