ページA・B・Cには追加したセクションが反映しても良いが、Dには反映させたくなといったようなことで認識は合っておりますでしょうか？
そうであれば、Yanomura様が行った方法で通常問題なく反映されるはずですが…
反映されない可能性としては、
「カスタマイズ画面ではデフォルトの商品でDを選択しているものの、Dのページ編集画面でテーマテンプレートを選択できていない。」
ということが考えられそうですがいかがでしょうか？
ページA・B・Cには追加したセクションが反映しても良いが、Dには反映させたくなといったようなことで認識は合っておりますでしょうか？
そうであれば、Yanomura様が行った方法で通常問題なく反映されるはずですが…
反映されない可能性としては、
「カスタマイズ画面ではデフォルトの商品でDを選択しているものの、Dのページ編集画面でテーマテンプレートを選択できていない。」
ということが考えられそうですがいかがでしょうか？