Muchas gracias a ti por tu paciencia, @aleixin .
He estado investigando la configuración de estas notificaciones y he podido ver que la razón por la que no aparece la opción de elegir sucursal en el apartado de notificaciones en tu tienda, es porque al parecer esta opción solamente está disponible para tiendas que utilizan el canal de venta POS (Punto de Venta). Si no tienes activo esta canal, la opción para diferenciar por sucursales no aparecería disponible.
En este caso, como medida alternativa, siempre puedes agregar un destinatario con el correo electrónico que corresponda a la sucursal, aunque no esté detallada la sucursal en cuestión. Como la dirección será visible en el panel de control, tendrías esta información a golpe de vista.
Por otro lado también podrías activar el Punto de Venta POS Lite, que viene incluido con todos los planes. No tendrías que utilizarlo. ¿Crees que alguna de estas opciones podría ser útil para ti? ¿Tienes localización física de ventas?