Olá @thuvillas !
Entendo que você está usando o aplicativo Correios da Gadol Apps, mas não está conseguindo configurar entrega de locais diferentes, certo? Por se tratar de um app desenvolvido por terceiros nós não somos familiares com os recursos oferecidos pelo app, neste caso, recomendaria conversar com o suporte do app para confirmar isso. Na página do app é informado que é possível configurar frete com multi-origens. Neste caso, eu recomendo solicitar ajudar para esclarecer isso melhor e conferir os diversos planos disponíveis.
Se o app que você usa realmente não ajudar, você poderá optar por configurar as suas próprias taxas ou utilizar um outro app para calcular as taxas para diferente zonas de frete.
Para exemplificar isso, confira as informações abaixo:
1 - Configurando Entrega Local
Na minha loja configurei três locais. Em Configurações > Frete e Entrega > Entrega local, configurei os dois locais Depósito São Paulo e Depósito Minas para oferecer entrega:
Ao clicar na configuração poderá configurar a entrega local para oferecer entrega dentro de um raio de distância ou para CEPs específicos para onde você deseja fazer entregas.

2 - Configurar a zona de frete para os locais adicionados
Em Configurações > Frete e Entrega, poderá criar um perfil de frete e criar zonas de frete para adicionar os locais de onde seus produtos estão sendo enviados e adicionar as taxas.
Lembrando que ao adicionar os locais em Frete de, você poderá escolher em adicionar as mesmas taxas para os dois locais ou criar novas taxas para um dos locais, veja só:
Assim, poderá criar taxas distintas e, se for necessário, conseguirá também utilizar apps diferentes para calcular as taxas.
3 - Configurar as taxas
Optar por um app que oferece os recursos mais avançados para ajudá-lo a implementar taxas mais customizadas. Ou poderá criar uma taxa fixa por preço, aplicada ao valor total do carrinho; e por peso, aplicada ao peso de cada produto.
Em resumo, no admin da Shopify, você poderá:
Confira com calma todas as instruções e material compartilhado para compreender bem sobre os recursos disponíveis. E se caso realmente precisar de um app, poderá explorar as opções conferindo a lista completa aqui.
Estamos à disposição, caso tiver alguma outra dúvida!