Hola @mariaj92 ,
Gracias por tu respuesta. Incluí un video de mi propia tienda de prueba para mostrarte una otra manera de eliminar las etiquetas que no quieres. Al clicar en eliminar etiquetas, tendrás la opción de elegir las etiquetas que quieres eliminar sin el riesgo del eliminar todas sin querer.
Si las etiquetas aún aparecen en la búsqueda en tu tienda después de seguir los pasos en el vídeo, hazme saber y voy a enviarte un correo electrónico para que podamos autenticar nuestra interacción y vaciar el caché de la interfaz de tu tienda para resolver el problema.
Quedo atento,