Olá @juninspc !
Você pode certamente configurar o seu frete personalizado e o frete grátis se utilizar o checkout da AppMax. Pois, quando se trata das configurações de frete e o provedor de pagamento, elas são configuradas separadamente. As taxas e personalizações de frete são geralmente realizados no painel de administração da Shopify seguindo os passos que a minha colega compartilhou acima.
O checkout da AppMax é um provedor de pagamento de terceiros e poderá conectá-lo a sua loja seguindo os passos aqui. Além disso, terá acesso às configurações em particular do AppMax pelo admin do app. Encontrei esta documentação e um vídeo aqui no site do app que explica como conectar o AppMax a Shopify que pode te ajudar.
Espero que isso ajude!