Gitで管理しているテーマをThemeKitを利用して自分の開発ストアに反映させる際に、管理画面上と齟齬が発生するのを防ぎたい

こちらの公式ドキュメントを参照ください。

https://shopify.dev/tools/theme-kit/command-reference#open

Theme open はプレビューを表示するためのものですが、こちらにも、env の指定が必要かと思います。 事故を防ぐには、元のマスターの管理画面ではなくて、ご自身の開発ストアがデフォルトのenvになるように設定されるのが良いかと思います。