対象URLが不明なのでなんとも言えませんが、パラメータが付いているような状態でなければ、重複エラーに関してURLは関係なくコンテンツが要因かと思います。
以下などのGoogleのドキュメントを確認ください。
https://developers.google.com/search/docs/crawling-indexing/consolidate-duplicate-urls?hl=ja
まだ調査していない場合は、以下などで情報を探すことをお勧めします。
- Shopifyコミュニティ(英語など他言語でも探す)
- Googleのドキュメントとコミュニティ( https://support.google.com/webmasters/community?hl=ja )
■補足
重複が理由であるページは1251ページであり、インデックスされないという9000ページへの主たる要因ではないように思います。
重複URLに対応するにしても、「クロール済み - インデックス未登録」の7000ページ以上の方を調査する必要があると思います。
ただしソースが「Google システム」なので原因が確認できない可能性もあります。
対応策としては以下などが考えられます。
- Googleのコミュニティで質問する(※1)
- SEOに強いエキスパートやパートナー、あるいはSEO専門の業者に調査や対応を依頼する
(※1)
Googleのコミュニティであっても対象サイトやURLがわからないと一般的な回答しかできないので、質問される場合は具体的な情報を書かれることをお勧めします。