はじめまして、Takaseと申します。
自身の環境でページにcssの記述を記述して保存・更新などを試してみましたが、再現しませんでした。
推測にはなりますが、もしかするとインストールしているアプリなどが影響しているかもしれません。確実にcssが消えないようにする対応方法は、「コードを編集」を使ってページ以外の箇所にcssを記述することかと思います。
一例になりますが下記のような手順で「コードを編集」からすべてのページに対してcssの追加が可能です
・アセットに「custom-page.css」ファイルを作成
・「custom-page.css」に任意のcssを記述
・レイアウト > theme.liquidのheadタグ内に下記を記述
{% if template.name == 'page' %}
{{ 'custom-page.css' | asset_url | stylesheet_tag }}
{% endif %}
上記の例ではすべてのページへの反映になりますが、記述を少し変えることで一部のテンプレートのみに反映させることなども可能です。