Olá @AnaMG ,
Pelo que entendi em sua mensagem, você notou que o checkout transparente do Mercado Pago não estava funcionando e enviava a mensagem “Houve uma instabilidade no servidor, por favor, tente novamente” ao tentar concluir o pagamento, correto? Entendo como esta é uma solicitação importante, e por isso, tenha certeza que passarei as informações necessárias para responder qualquer dúvida existente, vamos lá?
Você já tentou desinstalar e instalar novamente o aplicativo do Mercado Pago?
Como vejo que você está utilizando o Mercado Pago como solução para checkout, sugerimos que tente entrar em contato com a sua equipe de suporte para obter mais informações sobre esse erro que ocorreu, já que nosso escopo de suporte é limitado somente a plataforma Shopify. Como não podemos ter acesso às informações recebidas por eles, nossas informações são limitadas as que estão refletidas em nossa plataforma.
Com isso, se tiver acesso a sua conta do Mercado Pago, você provavelmente poderá ver mais informações ou poderá até mesmo contatar a equipe de suporte do Mercado Pago para obter mais detalhes sobre o que ocorreu com o pedido em questão. Gostaria também de informar que de acordo com as informações do próprio Mercado Pago, o checkout antigo foi descontinuado e agora, um novo checkout transparente foi lançado, trazendo maiores oportunidades!
Com isso, caso você decida prosseguir com o novo checkout do Mercado Pago, sugerimos que delete o aplicativo antigo, deixando apenas a nova versão do mesmo. Você também poderá entrar em contato com a sua equipe de suporte caso tenha qualquer dúvida sobre como utilizá-lo. Certifique-se também que o Client_id e o Client_secret do Mercado Pago estão adicionados em Admin > Configurações > Pagamentos > Gerenciar. Algo a ser considerado também é, junto ao Mercado Pago, solicitar novas credenciais e inserir essas novas credenciais nas suas configurações.
Caso haja interesse, além do Mercado Pago, temos outras opções que passaram por um processo rigoroso de avaliação e que são homologadas pela Shopify. Recomendo dar uma olhadinha neste fabuloso blog sobre Checkout transparente na Shopify. Seguem abaixo os links com algumas das soluções confiáveis disponíveis atualmente para checkout transparente:
Vale lembrar que, conforme informado em Obter ajuda com apps de terceiros, apesar de aprovados pela Shopify, soluções desenvolvidas por parceiros terceiros recebem suporte específico primariamente pelos próprios desenvolvedores. Como eles são os maiores conhecedores da solução que criaram, eles possuem o time melhor equipado para prestar este tipo de assistência.
Além disso, como você ja está no processo de vendas com o Mercado Pago, gostaria de compartilhar alguns links que podem ser bastante úteis para você. Dê uma olhada quando você tiver um tempinho:
- Checkout transparente na Shopify: tudo o que você precisa saber
- 5 tendências do e-commerce mundial: um guia gratuito do Mercado Pago e da Shopify
Bom, acredito que seja isso por agora, mas caso tenha ficado alguma dúvida ou se você precisar de maiores esclarecimentos, estarei à disposição 
Até mais!