こちらのアナウンスは、Shopifyが提供する、Shopify Payment、PayPal、Amazon Pay以外の外部決済全てに関連する以下の変更に対応するために行われたものです。
https://shopify.dev/apps/payments/payment-partner-migration-guide
ただし、現在も、今後も、外部の決済パートナーがShopifyの在庫をコントロールすることはなく、この在庫に連動したKOMOJUの説明はいささか混乱を招く表現かと思いますので、私の方で答えられる部分は補足したいと思います。
アナウンスには、12月末でのサポートが終了とのことが記載されておりましたが
明確なサポート終了の日時を把握したく、それは可能でしょうか。
上記デベロッパーサイトには以下の記載があります。
As of December 31, 2021, existing HPSDK integrations will be deprecated. By December 31, 2021, you should be done re-platforming to the new platform and impacted merchants should be ready to install your new payments app. If by December 31, 2021, you haven’t migrated to the new platform, merchants will no longer be able to install your legacy HPSDK integrations and Shopify will contact impacted merchants to help them adopt a payments app to avoid payment processing disruptions.
Pendingのステータスがある現行の連携方法が上記のHPSDKですが、12/31まではインストールや設定可能ですが、その日にサポートは終了します。ただし、その日に取引の停止とは書いていませんので、現行の連携方法の利用はその後もしばらく可能です（これについてはKOMOJU含め現行の決済パートナーに期限を含めた連絡がShopifyから送られていますので、詳細はKOMOJUにお問合せください）。
この問題はShopify側も認識しているとアナウンスにはありましたが、
サポート終了までに在庫確保の観点での問題を解決したアップデートを行われることはないでしょうか。
これは直接在庫に関わる問題ではありません。PendingがないことによるKOMOJU側の設計変更が結果的に在庫確保ができなくなっている状況かと思います。ここからは推測になりますが、おそらくこの変更で影響を受けるのはコンビニ決済かと思われます。
現行のHPSDKでは、購入者の決済時に保留にして、コンビニ支払いがあったときに、KOMOJUからShopifyに支払い完了の処理をしてShopify側も支払い完了になりますが、新しい連携方法には「今の所」保留がないので、購入者の決済時に完了か、エラーにする必要があります。KOMOJUはこれに対して、購入者が決済した時は、KOMOJU側だけで処理をしてShopify側には何も返さず（つまり注文が作られないかご落ち状態＝在庫引き当てもない）、支払い確認できた時に、初めて本来購入時に行うはずの、支払い完了の処理をShopifyに行う設計にしたため、このような案内になっているかと思います。
逆に言うと、クレジットカード決済などほとんどの決済手段は購入時に与信が決まるので、今までと同様の運用が可能かと思いますので、KOMOJUに再度確認いただければと思います。
新しい連携方法のPending用のAPIは下記のように年内リリース予定ですが、これは延期される可能性もあります。このPending APIがリリースされてKOMOJUがその実装を取り込めば今まで同様の運用が可能になるかと思います。
https://shopify.dev/apps/payments/processing-a-payment#pend-a-payment
The paymentSessionPending mutation is currently only available in the unstable version of the Payments Apps API closed beta. The mutation is in development and is scheduled to be released at the end of Q4.
> これらはKOMOJU以外の代替決済方法（外部サービス）でも同じく12月末で新APIへの変更が完了していないと、
サポート終了となってしまうものなのでしょうか。
上記のように他の外部決済サービスもHPSDKを使っているので、サポート終了と取引停止の日時は同じですが、前述のように、新しい連携方法をどう設計するかは決済サービスごとに違いますので、今まで通り購入時に完了処理をする決済手段については、新しい連携方法に移行しても、ここで述べられているような在庫の問題は発生しないと思われます。
「新APIでは支払いが完了されるまで在庫が確保されない」という状況はコンビニ決済等をストアで利用することが困難なため、現時点ではどのような対応を進めたら良いでしょうか？
こちらも上記のように「直接的に在庫が確保されなくなった」訳ではなく、決済時に外部決済側が決済結果を反映していればこれまで通り在庫は確保されますので、１つの手段としては購入時に与信確保＝決済結果を返す後払い手段（例えばPaidyなど）を導入するのも手かと思います。または、現在KOMOJU以外で国内の外部決済から新しい連携方法はまだリリースされていませんが、今後リリースされる他社のコンビニ決済は別の設計、つまり決済時に処理結果を返す形になるものもあるかもしれません。
最悪、一時的に外部決済サービスのコンビニ決済をやめて、決済設定から手動決済としてコンビニや後払いを設定して、その後の入金管理は手作業で行うという手段もあります。（機能としてはダウングレードしてしまいますが）