A mi me pasaba lo mismo, hasta que descubrí lo ocurría; En algunos productos, a pesar de tener correctamente las etiquetas y categorías, y el “estado del producto” en Activo, no aparecían porque en el apartado de debajo “Canales de venta y aplicaciones/gestión” no estaba seleccionado “Tienda online”. Es un apartado que no está a la vista, y tienes que clicarle a gestión, modificarlo y guardar. Después de hacer eso ya se ven todos los productos y están colocados donde deben.
¡Un saludo!