Como a integração com o checkout da CartX solicitará edições no código de seu tema, ao mudar seu tema atual para um tema novo sem a codificação da integração com esse app, é normal que você veja o checkout padrão da Shopify.
Para garantir que a integração esteja funcionando em seu tema novo, recomendo entrar em contato com o suporte da CartX para que eles te ajudem a customizar seu tema novo e verificar qualquer outra configuração necessária em sua loja.