Tu problema puede tener varios puntos de fallo, te recomiendo hacer lo siguiente:
1.- Revisa la configuración actual del webhook de tu shopify y comprueba que funcione en tu servidor donde recibes el .json
2.- Despues de confirmar que ahi estan llegando bien los datos, haz lo mismo con los otros servicios para saber en que punto la información se corrompe.
Seguramente fue una modificación en la estructura del .json la que ocasiona que en un punto alguna automatización se rompa, pero tienes que depurar para saber en donde comienza el fallo, cuando lo tengas puedes compartir mas detalles y te puedo ofrecer una mejor respuesta
Saludos!