Hola! Aquí Carlos, Shopify Expert en México.
Shoify te permite configurar 3 formas de envío y entrega: Envío Nacional, Entrega Local y Recoger en tienda.
En Envío Nacional: Para que solo permitas levantar pedidos desde CDMX, deberás quitar todos los estados (entidades federativas) desde tu perfil de envíos. Las opciones de códigos postales está para Entrega Local, es posible que tengas 2 formas de entrega y envío activadas, por eso aun tengas tus códigos postales registrados (para Entrega Local), el cliente puede pedir desde otro estado (Envío Nacional).
Prueba Eliminando el perfil de envío general y dejando solo entrega local.
Saludos