Ich empfehle deine Warenwirschaft so zu konfigurieren das erzeugte eBay-Bestellungen mit dem Tag “eBay” nicht doppelt erfasst werden. Somit erscheint deine Bestellung bei Shopify nur 1x und kann auch dort bearbeitet werden.
Es ist natürlich auch möglich mittels Shopify Admin API das erzeugen von Bestellungen aus eBay in Shopify zu unterdrücken, ist jedoch nicht ratsam. Ich denke vorwiegend stehst du vor einem Konfigurationsproblem.
Üblicherweise wird eine Bestellung über eBay 1x in eBay und die gleiche Bestellung über Shopify 1x synchron als 1 einzige Bestellung erstellt. Hast du zusätzlich deine Wawi auch mit eBay verknüpft? Das könnte noch die Ursache sein.