Oi @CidSouza ,
Você estaria se referindo ao domínio que foi gerado ao criar sua conta conosco (myshopify.com) ou à um domínio personalizado (.com ou .com.br)?
Uma vez que sua loja foi criada, ela é permanentemente conectada a seu domínio .myshopify.com, não sendo possível alterá-lo. Isso não chega a ser um problema já que você pode substituir esse domínio por um domínio personalizado e seus clientes não terão acesso ao domínio myshopify.com. Caso ainda não tenha um domínio personalizado em sua loja, você pode comprá-lo diretamente conosco através de seu painel de controle, clicando em Loja Virtual > Domínios > Comprar domínio novo:
Com um domínio personalizado você poderá ter algo como www.sualoja.com.br, e seus clientes nunca verão o endereço .myshopify.com. Confira mais informações sobre domínios aqui.
Como pelo o que entendi você está procurando ter duas contas conosco, você poderá escolher o nome de sua nova loja e criar uma conta nova. Essas duas lojas serão independentes uma da outra, mesmo que você tenha utilizado o mesmo email para a criação de ambas. Você terá dois domínios específicos com a Shopify e sempre que efetuar seu login, nosso sistema te perguntará em qual de suas lojas você gostaria de acessar. Em cada uma dessas lojas você poderá também conectar um domínio personalizado diferente se você desejar.
Como não é possível ter duas lojas em uma mesma conta, você precisará selecionar um novo plano e efetuar as configurações de cada uma dessas lojas independentemente. Qual seria o motivo pelo o qual você esteja criando uma segunda loja? Se você pretende transferir configurações de uma loja para a outra, recomendo conferir nosso guia sobre como fazer o backup e duplicação de lojas aqui.
Espero que isso ajude! 
Até mais! | Luisa