Olá @storzom .
Entendi que não consegue visualizar as opções de cartão de crédito no seu checkout, somente boleto bancário. Entendi também que o Mercado Pago é o aplicativo de checkout transparente que você escolheu para a sua loja. Você já configurou o Mercado Pago como seu provedor de pagamento no admin da Shopify? Para que seu checkout transparente funcione, você precisa ativar o Mercado Pago como o provedor de pagamento primário da sua loja e escolher os métodos de pagamento que deseja oferecer.
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No admin da Shopify, clique em Pagamentos > Provedores de terceiros > Escolher provedores de terceiros.
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No campo de busca, busque e selecione Mercado Pago.
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Como parte das configurações, você precisará colar as credenciais correspondentes nos campos Client id e Client secret, que você obtém consultando na sua conta no site do MP.
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Escolha as formas de pagamento que deseja oferecer aos seus clientes.
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Por último, clique em Ativar Mercado Pago.
O tutorial acima resolveu a questão? Nos avise se tiver mais alguma dúvida. Além disso, eu adoraria sugerir opções de como crescer o seu negócio. Se quiser dicas, envie o link da sua loja para eu dar uma olhada.