Entendo que está tentando configurar Entrega Local, mas essa opção não está aparecendo no checkout da sua loja, correto?
Devo esclarecer que o recurso Entrega Local e Retirada Local só funcionam com o checkout nativo da Shopify. O esperado é que realmente essas configurações não dê certo quando a loja utiliza o checkout transparente do Mercado Pago. Este documento aqui aborda algumas considerações sobre a experiência de checkout caso o lojista estiver usando outros checkouts ou qualquer app de frete de terceiros que possa entrar em conflito com a forma de entrega local da Shopify.
Eu recomendaria conversar com o desenvolvedor do checkout transparente e verificar se tem alguma alternativa disponível que tenha compatibilidade entre si. Temos vários apps, como esses dessa lista aqui, que oferecem recursos avançados de frete e que podem ser compatíveis com a integração que você está usando. Para entrar em contato com o suporte do checkout do Mercado Pago acesse a página do app e clique em Receber atendimento.
Outra alternativa, se ainda quiser utilizar uma solução de checkout transparente para a sua loja, seria explorar outras soluções disponíveis e verificar se alguma é compatível com o recurso de entrega local da Shopify. Outras opções de checkout transparente que recomendamos são:
Entre em contato com o suporte dessas integrações para saber se funciona com a configuração de frete local da Shopify e também saber sobre outros recursos e custos.
Espero ter esclarecido. Se tiver qualquer outra questão, só nos avisar. Até mais!