1.graphQLはbasic認証ベースに対応してない様です
マニュアルで前後が読みづらいですが、6の欄にあるコマンドはあの流れで実行出来ますが、graphQL部位は違う操作が必要みたいです。
2.graphQLの認証は、X-Shopify-Access-Tokenベースみたいです。パスワードをどう渡すかは忘れました・・
https://shopify.dev/docs/admin-api/graphql/getting-started
のcurl文参照でお願いします。
3.なので、参考にされるサンプルは、下記graphqlのtestが良いと思います
https://github.com/Shopify/shopify_python_api/blob/master/test/graphql_test.py