Por si alguien le pas alo mismo lo solucione de la sgte manera:
se agregan solo los regsitros A con la IP de shopify y se agrega el CName con al url sde shops de shopify que sale en la guia.
para no perder los correos deben configurar en cpanel el registro MX con prioridad 0 que dice destino: sudominio.com lo modifican por mail.sudominio.com
y listo funcionan correos institucionales y llegan los notificaciones de tienda:
abz.