Hola, tuve un caso similar, sobre todo con los cobros y descuentos pero se soluciono al momento al parecer las pasarelas de pago como Payu redireccionan al cliente te sugiero implementar un sistemas de facturación electrónica aquí en Colomba hay varios y después integres tu tienda con el sistema contable para que evite errores de inventarios y sepas cuando se compro con esta herramienta los uní facturaciones https://www.dnubo.com/web/guest/home