Olá @Joaovitor3 !
Pelo que informou, entendi que você desinstalou o app do Mercado Pago e, agora, está usando um novo checkout transparente. Mas, mesmo assim, a sua loja está apresentando um resquício de código do app do Mercado Pago que está causando um conflito de certificados de segurança, certo? Onde exatamente aparece este problema de certificado de segurança?
Alguns apps, mesmo quando desinstalados, podem deixar restos de códigos no tema. Se após desinstalar um app o tema continuar apresentando seus recursos, será necessário entrar em contato com o atendimento do app e solicitar ajuda para remover os scripts adicionados no código do seu tema.
Devo esclarecer que o app do Mercado Pago está disponível na Loja de Apps da Shopify, no entanto, este é um app desenvolvido por terceiros e não é suportado pela Shopify. Sendo assim, o suporte do aplicativo é a melhor equipe para te ajudar a solucionar isso.
Acesse a página do app aqui e desça a página para encontrar as opções de atendimento. O suporte do app poderá acessar a sua loja e remover o restante do código que o app deixou no tema. Saiba mais sobre como obter ajuda de apps aqui.
Além de conferir isso junto com o app do Mercado Pago, eu também sugiro entrar em contato com a equipe do checkout Adoorei. Recomendo isso, pois notei que o script está dentro de um arquivo deste checkout. Eles poderão analisar isso para você e fornecer um direcionamento.
Uma outra opção, caso você ainda esteja na fase de configuração inicial, seria utilizar um novo tema. Ao instalar apps na loja, de forma geral, eles são instalados no código do tema que está como publicado. Com isso em mente, você poderá carregar uma nova versão do tema e publicá-la. Assim, ao instalar o checkout de sua escolha ele será instalado na nova versão do tema. E o tema que apresenta erros será adicionado em biblioteca de temas podendo descartá-lo quando quiser. Consulte sobre gerenciar temas aqui.
Antes de terminar, quero deixar aqui uma sugestão. Não sei se você já sabe, mas o checkout Adoorei não é uma integração aprovada pela Shopify, pois não foi desenvolvida dentro dos padrões de segurança exigidos e apresenta incompatibilidade com as ferramentas nativas da Shopify, além de comprometer a segurança da sua loja e dos seus clientes. Para evitar futuros problemas com a sua loja, te convido à se informar mais sobre os perigos de usar checkouts transparentes não aprovados e consulte aqui a lista de checkouts aprovados.
Se tiver alguma outra dúvida, só nos avisar!