同じ現象にあっていましたが、解決できましたので報告します。
facebook buisiness manager上でinstagramショッピングのカタログの"ウェブサイトリンク"というところを、過去にinstaでドメイン認証したときのものに変更すると、すんなりinstaで掲載できました。
shopify管理画面の"ドメイン"項目で、myshopify.comのデフォルトドメインから、プライマリードメインになっている独自ドメインへのリダイレクト設定がされていれば、これで問題ないはずです。
