Shopify paymentでの身元証明書類の提出についてのご質問

なるほど。

代表の証明書の提示自体がNGとなります。

これだと、この方がストアオーナーで有る限りどこの決済手段も導入不可能かと思います・・

提出可能な方のIDを用意して、ストアオーナーをその方に変更して、出金先の銀行口座もその方名義にするのが順当かと思います。