Qcoltd様
非常にわかりやすく丁寧にご見解を頂き誠にありがとうございます。
本件についてですがサポートに問い合わせをしてみたところ、どうやら最近規約が変わったようで、2022年6月16日以降「外部決済サービス」を利用した取引に関しては取引手数料が発生するようになったとのことです。
これまでの請求を見てみたのですが、確かに6/16以降の請求から外部決済を利用時の取引手数料2%が請求されております。
（PayPalのみ取引手数料0%のままらしいです）
手数料が上がるというのは結構大事なトピックですが、私のように気づいていない方もいるのかなと。。。
とりあえず疑問は解消されたのですが、ちょっとびっくりでした。
（私の方でShopify側からのアナウンスを見過ごしてた可能性が高いのですが）
お忙しい中、いろいろとお調べいただきありがとうございました！