oritatamiさん
お客様が購入を確定している時点ではご請求が発生します。※手動で注文の支払いを確定する場合は異なります。
Shopifyペイメントでのご返金を行われる際には、次ペイアウトよりご返金の金額が引かれます。
ペイアウトの金額が足りない場合、登録されている銀行口座よりご返金の金額が引かれます。
返金は3日から5日の間で行われます。
英語のドキュメントページとなってしまいますが、以下のページをご覧下さい。
https://help.shopify.com/en/manual/orders/refund-cancel-order