Hey @AdrianB
Erstmals ein herzliches Willkommen auf der Plattform! Jetzt geht’s los… 

Hast du schon deine Steuereinstellungen korrekt in Shopify eingerichtet - wo du deine USt.ID.Nr. eingetragen hast, und die MwSt. als inklusive auf Shop-Ebene (das Hauptsteuer-Ankreuzkästchen), Länder-Ebene (in deinen Märkte-Einstellungen), und auf Produkt-Ebene (“Steuern erheben” Feld in jedem Produkt) eingestellt?
Viele unserer deutschen Shops arbeiten auch mit der Order Printer Pro App, wo man die Rechnungen im Liquid Code so anpassen kann wie man es möchte. Wenn du es da machen möchtest kann ich dir gerne die Schritte dazu auflisten wie du das machen kannst wenn du mir hier weitere Details sendest.
Es ist derzeit aber grundsätzlich nicht möglich, die Steuerberechnung in Shopify auf gesamt Shop-Ebene so anzupassen, dass sie direkt auf der Rechnungsebene erfolgt, anstatt auf der Ebene der einzelnen Bestellpositionen. Shopify hat seine Steuerberechnungsmethoden im April 2020 aktualisiert, um die Genauigkeit und Konformität mit regionalen Steuergesetzen zu verbessern. Seitdem wird die Mehrwertsteuer (MwSt) für jede einzelne Position in einer Bestellung berechnet und abgerundet, bevor die Beträge zum Gesamtwert der Bestellung addiert werden (mehr dazu auf dieser Seite zu lesen).
Diese Änderung wurde implementiert, um die Berechnung verschiedener Steuersätze zu verbessern und die Steuerberechnung für Bestellungen mit steuerpflichtigen und nicht steuerpflichtigen Produkten zu erleichtern. Dadurch kann es jedoch zu kleinen Abweichungen zwischen der Gesamtsteuer, die Shopify berechnet, und der, die durch andere Systeme wie deine WaWi berechnet wird, kommen (help.editorder).
Eine direkte Anpassung dieser Berechnungsmethode innerhalb von Shopify ohne individuelle Programmierung oder die Verwendung spezialisierter Apps ist derzeit nicht möglich. Shopify bietet zwar die Möglichkeit, Steuereinstellungen zu überschreiben und bestimmte Produkte oder Versandarten mit angepassten Steuersätzen zu versehen, jedoch bleibt die grundlegende Berechnung auf Positionsebene bestehen (Shopify Help Center) (Shopify Help Center).
Für eine genauere Abstimmung der Steuerberechnung auf Rechnungsebene könnte man auch erwägen, eine maßgeschneiderte Lösung zu entwickeln, beispielsweise durch die Integration einer externen Buchhaltungssoftware, die mit Shopify kompatibel ist und die Steuerberechnung auf Rechnungsebene unterstützt. Habt ihr auch unsere deutschen Rechnungs-Apps ausprobiert, wie Lexoffice, sevDesk, und Billbee
Deren Support kann auch dazu beraten, wie ihr eine Lösung finden könnt, die sowohl den steuerrechtlichen Anforderungen entspricht als auch mit eurer WaWi kompatibel ist.
Hoffe das hilft dir weiter - lass wissen falls nicht! 
Warum nicht etwas Gamification in das Shop einbauen, um deinen Kunden etwas Fun im Shop anzubieten? Gerne kann ich bei Interesse Tipps dazu geben!
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