Shopifyでは難しいかもしれません。
カスタム配送プロファイルを使用することで、
特定の商品だけ、特別な送料設定をすることはできますが、
https://help.shopify.com/ja/manual/shipping/setting-up-and-managing-your-shipping/shipping-profiles
特定の商品を含んだ注文の際に、送料無料にする、というストレートな方法はないかもしれません。
私が思いつくのは、下記3点です。
(1) 商品重量で配送設定する
もし、商品の"重量情報"を特に使用されていないようでしたら、
特定の商品だけ極端に大きな数字を設定し、
配送設定で、その重量以上の際は送料無料という設定を作れば、
可能かもしれません。
(2) クーポンで値引きする
特定商品の購入にだけ使用できるクーポンを準備し、
クーポンの値引額がちょうど送料と同額になるようにする、でも大丈夫そうです。
(送料を固定されている場合に限りますが。)
(3) Shopify Plusを使用する
Shopify Plusであれば、チェックアウト画面のカスタマイズが可能ですので、
特定商品が含まれている場合に送料無料にする、
ということも可能かもしれません。
ご参考まで。
(キュー田辺)