こんにちは。
今Jp_さんが開発中のサイト(A)に、クライアントをユーザー登録して
所有権を移し、有料プラン選択をしてもらえばコミッションは発生します。
クライアントがすでに他のサイト(B)の所有者だったとしても、
その点に関しては影響はありません。
そうなると、クライアントはABふたつ所有してプラン料金を払うことになりますが
そもそもの目的が、BからAに移してリニューアル、といった場合は
Aの所有権譲渡とプラン選択が済んだら、使用されているドメインをAにつけかえて
そちらで運用を開始し、
その後のBの契約についてはご都合に応じて終了していただく感じかなと思います。
的外れだったらすみません。